事案の概要(by Bot)：
1沖縄県宜野湾市所在の普天間飛行場の代替施設を同県名護市辺野古沿岸域に設置するための公有水面の埋立て（以下「本件事業」という。）について，原告（沖縄県知事A）から公有水面埋立法42条1項の承認（以下「本件承認」という。）を受けていた沖縄防衛局は，平成31年4月26日付け及び令和元年7月22日付けで，それぞれ，原告（沖縄県知事B）に対し，本件事業の環境保全措置の一環として，同事業の実施によりその生息場所を失う造礁サンゴ類を周辺海域に移植して避難させる等の目的で，同サンゴ類について，漁業法及び水産資源保護法等の関係法令である沖縄県漁業調整規則41条に基づく特別採捕許可の申請をした（以下，これらの申請を併せて「本件各申請」という。）。原告が，本件各申請について，沖縄県の定めた標準処理期間を経過した後も何らの処分もしていなかったところ，漁業法及び水産資源保護法の所管大臣である被告（農林水産大臣）は，令和2年2月28日付けで，本件各申請について許可処分をしないという原告の事務の遂行は，法令の規定に違反し，また，著しく適正を欠き，かつ，明らかに公益を害しているとして，地方自治法245条の7第1項に基づき，本件各申請について許可処分をすることを求める是正の指示をした（以下「本件指示」という。）。原告は，本件指示は違法な国の関与に当たると主張して，同法250条の13第1項に基づき，国地方係争処理委員会に対し，被告を相手方として審査の申出をしたが，同委員会の審査の結果は，本件指示は違法ではないとするものであった。本件は，上記審査の結果を不服とする原告が，本件指示は違法な国の関与に当たると主張して，同法251条の5第1項に基づき，被告を相手に，本件指示の取消しを求める事案である。
（PDF）
http://www.courts.go.jp/app/files/hanrei_jp/089/090089_hanrei.pdf （裁判所ウェブサイトの掲載ページ）
http://www.courts.go.jp/app/hanrei_jp/detail4?id=90089